Novel Laut Bercerita dikisahkan dalam beberapa babak. Babak pertama novel berlatar di tahun 1998 mengisahkan tentang seorang mahasiswa bernama Biru Laut yang diculik oleh sekelompok orang tidak dikenal. Bersama dengan tiga temannya yang lain, ia dibawa ke sebuah tempat tidak dikenal dan disekap selama berbulan-bulan. Selama disekap keempat sekawan itu diinterogasi, dipukul, ditendang, digantung, dan disetrum agar bersedia membuka suara. Orang-orang itu ingin tahu, siapa dalang di balik gerakan aktivis dan mahasiswa kala itu. Masih di tahun yang sama, keluarga Wibisono tengah menjalani aktivitas di hari Minggu seperti biasanya. Setelah acara masak bersama, sang ayah menyusun piring di atas meja untuk empat orang, untuk dirinya, untuk sang ibu, untuk si bungsu, dan juga untuk Biru Laut. Namun, meski lama menunggu Biru Laut tidak kunjung muncul. Dua tahun selang hilangnya Biru Laut secara misterius, sang adik Asmara Jati dan Tim Komisi Orang Hilang yang dipimpin oleh Aswin Pradana mencoba mencari jejak mereka yang hilang. Mereka juga mempelajari testimoni dari mereka yang kembali. Tidak hanya Asmara Jati, kekasih Laut, Anjani dan juga orang tua serta istri aktivis yang hilang turut menuntut kejelasan nasib anggota keluarga mereka. Sementara itu, dari dasar laut yang sunyi, Biru Laut bercerita kepada dunia tentang apa yang terjadi pada dirinya dan kawan-kawannya.